Alice: Madness Returns is de opvolger van American McGee’s Alice en kent dezelfde duistere stijl. Tien jaar na het einde van de eerste game is Alice getraumatiseerd door de dood van haar familie. Ze is opgenomen in een psychiatrisch ziekenhuis, waar een psychiater haar van haar waanbeelden af probeert te helpen. Om de waarheid achter de dood van haar familie te ontdekken, reist Alice af naar Wonderland.